Biopaliwa drugiej generacji

wytwarzane są z surowców, które nie stanowią składników pożywienia, zatem ich produkcja nie stanowi konkurencji dla przemysłu spożywczego. Surowce wykorzystywane do produkcji biopaliwa to m.in. rośliny energetyczne, w tym słoma, zrębki drzewne, odpady organiczne (wytłoki, śruty, gnojowica itd.) i inne surowce, które nie konkurują z uprawami na cele spożywcze.

Przykładowe biopaliwa II generacji: bioetanol lignocelulozowy, biopaliwa syntetyczne, bio – DMS (bio – dimetylofuran), biometanol, biodiesel II generacji, biogaz (SNG – substitute natural gas), biowodór.