Zgodnie z art. 89 ust. 5 rozporządzenia (WE) nr 1083/2006 Instytucja Zarządzająca PO KL otrzymała pismo Komisji Europejskiej potwierdzające, że za datę zamknięcia Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki (PO KL) należy uznać 20 listopada 2017 r. Od tej daty rozpoczął się trzyletni okres przechowywania dokumentów związanych z realizacją projektów w ramach PO KL. Zgodnie z art. 90 ust. 1 ww. rozporządzenia, bieg trzyletniego okresu zostaje zawieszony m.in. w przypadku postępowania prawnego.
Jednocześnie – zgodnie z zapisami umów o dofinansowanie projektów realizowanych w ramach Programu Operacyjnego Kapitał Ludzki – Beneficjent zobowiązuje się do przechowywania dokumentacji związanej z realizacją projektów do dnia 31 grudnia 2020 roku. Tym samym to tę właśnie datę należy uznać za obowiązującą.
W projektach objętych zasadami pomocy publicznej okres przechowywania dokumentów związanych z realizowanym projektem wynosi co najmniej 10 lat od dnia udzielenia pomocy publicznej w ramach projektu. Jeśli zatem w projektach wystąpiła pomoc publiczna, Beneficjent jest zobowiązany archiwizować dokumentację z nią związaną również w tym okresie. W przypadku rozliczenia podatku od towarów i usług termin przechowywania dokumentacji winien być nie krótszy niż dopuszczalny dla zmiany deklaracji VAT, gdy uznano podatek VAT w projekcie za wydatek kwalifikowalny.